Chociaż często zdarza się tak, że produkty charakteryzujące się niższym indeksem glikemicznym są bardziej przyjazne dla naszego zdrowia i naszej sylwetki, to wiele wskazuje na to, że nie koniecznie akurat ten parametr jest za te właściwości odpowiedzialny. Zazwyczaj po prostu pokarmy o niższym IG są równocześnie mniej przetworzone technologicznie i bardziej zasobne w składniki odżywcze o charakterze nieenergetycznym (białko, witaminy, makro- i mikroelementy) oraz rozmaite substancje wpływające na funkcjonowanie naszego organizmu (błonnik, związki fenolowe).
Przykładowo indeks glikemiczny razowego pieczywa jest niższy niż pieczywa otrzymanego z oczyszczonej mąki, ale jednocześnie też po pierwsze zawiera więcej włókna pokarmowego zwiększającego uczucie poposiłkowej sytości oraz dostarcza pewną dawkę witamin i składników mineralnych, usprawniających przebieg przemian metabolicznych oraz wpływających na aktywność enzymów biorących udział w spalaniu i magazynowaniu tłuszczu zapasowego.
Tak więc kwestia poposiłkowej glikemii, do której odnosi się wskaźnik IG jest tylko jednym z wielu czynników determinujących fizjologiczną odpowiedź organizmu na spożycie danego pokarmu.
O tym jak bardzo niemiarodajne może być wartościowanie jakości żywności za pomocą indeksu glikemicznego świadczy przykład rafinowanej fruktozy. IG tego cukru waha się w przedziale 12 – 25, a tymczasem jego nadkonsumpcja wybitnie sprzyja gromadzeniu tłuszczu zapasowego. Związane jest to ze specyficznym metabolizmem fruktozy, który omija jeden z etapów przemian glikolitycznych, precyzyjnie regulowanych m.in. przez obecność metabolitów pośrednich i produktów końcowych reakcji. W efekcie sprawia to, że fruktoza niezwykle łatwo zamieniana jest na tłuszcz zapasowy.
Dodatkowo cukier ten „wymyka się” mechanizmom odpowiedzialnym za kontrolę łaknienia, przez co wysoki jego udział w diecie sprzyja zwiększeniu podaży energii.
Poza tym indeks glikemiczny ma jedną istotną wadę – jest mało praktyczny i nie odnosi się do zawartości węglowodanów w produkcie. Wartość IG ustalana jest bowiem dla gramatury pokarmu dostarczającej 50g cukrów, a jak wiadomo procentowa ich zawartość w poszczególnych pokarmach jest różna. I tak osoby obawiające się wysokiego IG marchewki powinny pamiętać, że warzywo to zawiera zaledwie około 5 – 7g węglowodanów strawnych, tak więc wynik ustalany był dla niecałego kilograma gotowanej marchewki… Podobnie sytuacja w wygląda w przypadku innych produktów żywnościowych.
Osoby bazujące na wskaźniku IG często nie biorą tej kwestii zupełnie pod uwagę, co doprowadza do sytuacji kuriozalnych, w których w ramach „zdrowej” diety rezygnuje się ze spożycia niektórych owoców i warzyw.
Dostępna literatura naukowa nie wspiera przekonania, zgodnie z którym indeks glikemiczny stanowić miałby istotny wskaźnik jakości spożywanej żywności. Chociaż poposiłkowa odpowiedź glukozowa ma pewne znaczenie dla naszego zdrowia i naszej sylwetki, to – jak pokazuje przykład rafinowanej fruktozy - nie jest ona determinująca. Poza tym indeks glikemiczny, ze względu na fakt, iż pomija kwestię zawartości węglowodanów w produkcie może dostarczać mylnych informacji, co obrazuje przykład niektórych owoców czy gotowanej marchewki. Znacznie bardziej precyzyjny w tym zakresie jest tzw. ładunek glikemiczny (ŁG).